Daha sık kullanılan iki aşamalı (submerged) implant tekniğinde implant yerleştirildikten sonra mukoperiostal bir flep ile örtülerek üzerine yük gelmesine ve enfeksiyon riskine karşı korunmaktadır. Böylece osseointegrasyonun başarısızlık oranı düşmektedir. İyileşme sürecinin ardından transmukozal abutment kısmının bağlanması için ikinci bir operasyon gerekmektedir. Bu aşamada implant zaten osseointegrasyonunu sağladığından, ikinci operasyonun osseointegrasyon başarısızlığına etkisi yoktur.

İki aşamalı Implantlar orijinal olarak mandibuladaki sabit protezler için dizayn edilmişler, ama maxillada da kullanılmışlardır (Adell ve ark. 1981). Erken Branemark verilerinden itibaren iki aşamalı implantlar kısmi edante hastalarda, total protezlerde ve tek diş restorasyonlarında kullanılmıştır.

Literatür, epitelin implanta gerçek bağlanmasının epitel-diş bağına benzediğini, iki aşamalı implantlarda %50-%70 arasında kemik – implant yüzeyinde direkt kontakt olduğunu ve iki aşamalı implant sisteminin mikrobiyal florasının doğal dişlere yakın özellikler gösterdiğini belirtmektedir. İki aşamalı implantların %90’dan fazla başarı oranları olduğu ve özellikle mandibulada daha başarılı oldukları görülmüştür.